Ñin jugó pelota aficionada Doble A con el Manatí Atenas. El apoderado de ese equipo visitó su hogar en Barceloneta interesado en contratar a su hermano Lito. Después de una conversación sostenido en el hogar firmaron a Lito. Ñín insistió una y otra vez en que lo firmaran también a él, repitiendo que estaba seguro de que iba a dar el grado. Aunque al principio no estaban muy decididos, optaron finalmente por firmar también a José. En el primer juego en donde se inició como pelotero Doble AA, Ñín realiza maravillas en el jardín corto y bateó dos de los tres incogibles que bateó Manatí.

El otro incogible lo conectó su hermano Lito. Luego jugó beísbol profesional con los Cangrejeros del Santurce, al ser observado de cerca por Don Pedrín Zorrilla-padre del equipo de los cangrejeros. Habiéndose lesionado el jardín corto del equipo de Santurce, Don Zimmer, fué llamado José para sustituirlo. Se lució en esa posición, mereciendo por ello grandes elogios. Más tarde continuó cosechando triunfos con los Criollos del Caguas (fué Capitán de ese equipo).

En las ligas menores hace el grado de clase A, doble A y triple A en año y medio; subiendo a los Gigantes de San Francisco (1959). En la Serie Mundial de 1962 entre los Gigantes y los Yankees se proclama Campeón bate de la misma. Es histórico su doblete en la octava entrada y en el séptimo partido de la Serie Mundial del 1971 entre los Orioles del Baltimore y los Piratas de Pittsburgh para que estos últimos se proclamaran Campeones Mundiales del mejor beísbol del mundo. José A.

Pagán estuvo catorce fructíferos años en las Ligas Mayores, compartiendo muchos de estos triunfos con un compatriota e inmenso pelotero, Roberto Clemente, jugando para los Piratas. Fué licenciado por los Piratas de Pittsburg el 24 de octubre de 1972, siendo firmado como agente libre por los Phillies de Philadelphia el 13 de noviembre de ese año. Ñín Pagán fué un dirigente ganador. Dos veces dirige a los Vaqueros de Bayamón llevándolos a ser campeones de nuestra pelota profesional y a finales a los Leones del Ponce.

La trayectoria gloriosa de este gran barcelonetence se resume así. Fué el primer puertorriqueño en ser:

• Campeón bate en una Serie Mundial
• Coach de Grandes Ligas- años 1974 y 1975
• Dirigente Triple A
• Dirigente ganador de una Serie del Caribe

Otras hazañas logradas por este brillante jugador fueron las siguientes:

• Comparte la marca de Grandes Ligas de juegos jugados (164) por un jugador derecho, establecida en la temporada de 1962
• Compartió la marca de Grandes Ligas de mas jonrones (2) conectados como bateador emergente en apariciones consecutivas, establecida el 6 y 12 de agosto de 1969, la cual fué superada por Leon Lacy con sus tres cuadrangulares de mayo 2, 6 y 17 de 1978 y empatada por Del Hunser con sus cuadrangulares de junio 30 y julio 5 y 10 de 1979
• Compartió la marca moderna de Grandes Ligas de errores (3) en una entrada por un tercera base, establecida el 18 de agosto de 1966 en la cuarta entrada, la cual fué superada por Robert E. Brenly el 14 de septiembre de 1986 con cuatro errores
• Comparte la marca de Serie Mundial de asistencias (3) en una entrada por un tercera base, establecida el 14 de octubre de 1971
•  Líder en promedio de bateo (.368) en la Serie Mundial de 1962
•  Líder en promedio de fildeo (.973) entre los campos cortos de la Liga Nacional en 1962
•  Líder en putouts (151), asistencias (258), y promedio de fildeo (.967) entre los terceras bases de la Liga del Este en 1958
•  Líder en turnos al bate (542) en la Liga del Este en 1957
•  Líder en putouts (334), asistencias (307) y errores (28) entre las segundas bases de la Liga del Este en 1957
• En 15 años de buen béisbol acumuló 1,326 partidos, 3,689 turnos al bate, anotó 387 carreras, 138 dobles, 922 hits, 36 triples, se ponchó 510 veces, 274 bases por bolas, 372 carreras empujadas, 250 de promedio, 344 de "sluggin" y 298 con hombre en bases. A la defensiva tuvo 3,292 asistencias en 1,136 partidos con 156 errores y 960% en fildeo.