El 6 de diciembre del (2002) es firmado como agente libre por los Fillis de Filadelfia en un pacto de (6) años. Muchos eruditos en la materia pensaban que el gigantón primera base no encajaría en la Liga Nacional. La respuesta no se hizo esperar con Thome volando la verja en (47) ocasiones en su primera experiencia con los Fillis.

Durante la temporada del (2004) conectó su cuadrangular (400) ante una gran concurrencia reunida en el Citizens Bank Park en  Filadelfia. Thome otra vez impuso su fuerza de largo metraje con (42) bolitas blancas fuera del estadio.

Todo parecía de rosas hasta que en la temporada del (2005) participó solo en (59) juegos debido a una serie de lesiones. En definitiva tuvo que ser operado en julio perdiendo el resto de la temporada. Thome fue reemplazado por Ryan Howard que al parecer esperaba la oportunidad de su vida. Muchas veces las calamidades de otros sirven de trampolín Howard no se hizo esperar conectando (22) cuadrangulares, (288), (63) empujadas en (312) turnos al bate siendo elegido el Novato del Año. De esta manera los Fillis optaron por cambiar a Thome al Chicago White Sox por el guardabosque Aarón Rowand y par de jugadores de Liga Menor.

THOME CON EL WHITE SOX

En (9) partidos hasta el momento Jim Tome batea para (379), (6)cuadrangulares, (10) anotadas, (10) empujadas. Ha consumido (29) turnos, (10) bases por bolas, (3) ponches.