Perteneció al Gulf Coast League (Rookie) (Yankees de Nueva York) (2001), (Greensboro, South Atlantic League (A) (2002), Tampa Yankee, Florida State  (A+) (2002-2003),( Columbus Clippers, International League AAA), (Las Vegas 51s, Pacific Coast League (AAA) (2005) y (2006) y Vero Beach (2008). Su primera experiencia en el circo mayor ocurre en el 2004 con los Yankee de Nueva York donde vio acción en solo cinco partidos.

En enero del 2005 es canjeado a los Diamonbacks de Arizona junto a Brad Halsey y Javier Vázquez por Randy Johnson. Con Arizona no tiró una bola siendo canjeado a los Dodgers junto a Danny Muegge, William Juarez (Ligas Menores) y Beltrán Pérez por Shawn Green. Con los Dodgers participó en 50 partidos bateando para 273 en 176 turnos al bate, al campo cometió solo dos errores y tuvo 29 asistencia.
 
Navarro vuelve a ser canjeado al Tampa Bay Devils Ray en juno del 2006 por Toby Hall y Mark Hendrickson y dinero en efectivo. Con el Tampa ha participado durante dos temporadas 2007 y 2008 convirtiéndose en el receptor regular del equipo. En el 2007 cometió 14 errores detrás del plato, no obstante, en el 2008 solo cometió 5 pecados. Sin lugar a dudas su mejor temporada en las mayores ha sido en el 2008, en 426 turnos al bate consiguió un promedio de 295, 27 dobles y fue elegido para el Juego de Estrellas.

En cinco temporadas en las mayores Dioner Navarro tiene de por vida promedio de 263, 375 juegos, 1,266 turnos al bate, 140 anotadas, 333 hits, 64 dobles, 2 triples, 25 cuadrangulares, 141 carreras impulsadas, 118 bases por bolas y 188 ponches.